Οι κυψέλες καυσίμου μπορεί μέχρι στιγμής να μην εφαρμόστηκαν πλήρως στην ξηρά, με εξαίρεση βέβαια τις εταιρείες Toyota & Hyundai, αυτό όμως δεν σημαίνει ότι δεν έχουν ελπίδες να πετύχουν στη θάλασσα.
Η Bloom Energy, η εταιρεία κατασκευής κυψελών καυσίμου θα συνεργαστεί με τη Samsung Heavy Industries, μία από τις μεγαλύτερες εταιρείες κατασκευής πλοίων παγκοσμίως, για την ανάπτυξη φορτηγών πλοίων που κινούνται με κυψέλες που βασίζονται στην ηλεκτροχημική αντίδραση για την παραγωγή ηλεκτρισμού. Τα φορτηγά πλοία συνήθως κινούνται με πετρέλαιο – βαρύ μαζούτ. Ο Διεθνής Ναυτιλιακός Οργανισμός όμως έχει επιβάλει κανονισμούς που απαιτούν χαμηλότερες εκπομπές στη θάλασσα από το επόμενο έτος.
Οι κυψέλες καυσίμου της Bloom – που συνήθως χρησιμοποιούνται για την τροφοδοσία κτιρίων και κέντρων δεδομένων – συνήθως λειτουργούν με φυσικό αέριο, αν και μπορούν να χρησιμοποιούν και υδρογόνο. Όταν λειτουργούν με φυσικό αέριο, παράγουν πολύ λιγότερα αέρια του θερμοκηπίου από ό, τι θα έκαιγε το καύσιμο σε μια μηχανή ΜΕΚ. Ακόμη δεν παράγουν ρύπους παρόμοιους με εκείνους που πλήττουν τα λιμάνια. Τα πλοία που κινούνται με κυψέλες καυσίμου υδρογόνου αναπτύσσονται στη Νορβηγία και στην περιοχή του κόλπου του Σαν Φρανσίσκο.
